Los controles se inician en el agua cruda que ingresa a las plantas potabilizadoras, midiendo la calidad de las fuentes, continúa en las etapas de tratamiento, en la salida de los establecimientos potabilizadores y durante todo el recorrido de distribución hasta llegar a los domicilios.

Para cerrar el ciclo, se controla también la entrada y salida a los establecimientos depuradores y el volcamiento final a los medios receptores. En el laboratorio se realizan, aproximadamente 4.000 muestras mensuales, por las cuales se producen 40.000 determinaciones.

También, se realiza el control de la calidad de insumos utilizados en el proceso de potabilización. El establecimiento cuenta con 5 sectores: Microbiología, Control Químico de Aguas, Control Químico de Desagües, Química Orgánica y Espectrometría.