El proyecto es coordinado por la Secretaría de Ambiente y Desarrollo Sustentable de la Nación a través de la Autoridad de la Cuenca Matanza-Riachuelo (ACUMAR).
Posee carácter interjurisdiccional con participación nacional, provincial y municipal (14 municipios de la Provincia de Buenos Airse y la Ciudad de Buenos Aires).

El diseño del programa incluye los siguientes componentes:
- Componente Saneamiento: obras de intercepción, transporte y tratamiento de efluentes cloacales y pluviales.
- Componente Industrial: programas de reconversión industrial y al control de la contaminación de las industrias.
- Componente Urbano: obras de rehabilitación urbano y ordenamiento ambiental del territorio.
- Fortalecimiento institucional y administración del proyecto.